Saint Flavien occupa le trône patriarcal de Constantinople sous le pieux empereur Théodose le Jeune (408-450) et sa sœur l'impératrice Pulchérie. Au départ, il était prêtre et s'occupait des calices dans la cathédrale. Il devint patriarche après la mort du saint patriarche Proclus (20 novembre). A son époque, diverses perturbations et hérésies menaçaient l'unité de l'Église.

En 448, saint Flavien convoqua un concile local à Constantinople afin d'examiner l'hérésie d'Eutychès, qui n'admettait qu'une nature, la divine, dans le Seigneur Jésus-Christ. Persistant dans son erreur, l'hérétique Eutychès fut excommunié et privé de sa dignité, mais il avait un puissant protecteur en la personne de Chrysathios, un eunuque proche de l'empereur.

En intriguant, Chrysathios amena l'évêque Dioscore d'Alexandrie à rejoindre Eutychès, et il obtint de l'empereur la permission de convoquer un concile ecclésial à Ephèse, concile qui devait prendre par la suite le nom de « brigandage d'Ephèse. »Dioscore présida à ce concile, et grâce aux menaces et à la force, il obtint l'acquittement d'Eutychès et la condamnation du patriarche Flavien. Saint Flavien fut cruellement battu durant les sessions de ce concile par d'impudents moines, dirigés par un certain Barsumas. L'impie président du Brigandage, l'hérétique Dioscore, prit lui-même part à ce lynchage. Après cela, saint Flavien fut couvert de lourdes chaînes et condamné au bannissement à Ephèse. Cependant, le Seigneur abrégea ses souffrances en permettant qu'il meure (août 449).

L'impératrice Pulchérie avait dû se retirer de la cour impériale. Peu après, néanmoins, les intrigues de Chrysathios furent révélées. L'empereur le renvoya, et rétablit sa sœur Pulchérie, qui, par ses efforts, elle obtint que les reliques du saint patriarche Flavien soient ramenées avec honneur d'Ephèse à Constantinople.