Né le 8 avril 1905 à Saint-Pétersbourg le jour de la fête de l'archange Gabriel selon le calendrier russe, le futur évêque Jean reçoit le nom de son père, Eugraph. La famille Kovalevsky, de vieille noblesse terrienne originaire d'Ukraine, cœur historique de la Russie, a donné de nombreux et exceptionnels serviteurs à ce pays : philosophes, mathématiciens, sociologues, historiens, musicologues, diplomates et ministres s’occupant d’instruction publique.
A la fin de sa quatrième année, Eugraph reçoit en vision l'expérience de la lumière incréée. Puis, vers onze ans, il se sent, en songe, blessé par un oiseau de feu dont il comprend qu'il s'agit du Saint-Esprit. Dès lors il prend conscience que son unique refuge est la Trinité : "Dans la Trinité, déclarera-t-il plus tard, je trouvais soudain le sol ferme, quelque chose de réel, d'immédiat, qui ne trompe pas, inébranlable, et je répétais pour ne pas disparaître : Trinité-Unité, mon unique ami".
En 1917 survient la révolution. L'Eglise de Russie réunit un concile à Moscou où œuvrent, parmi les laïcs, son père et, parmi les évêques, leur parent le métropolite Antoine de Kiev. Durant ce temps, Eugraph et son frère Maxime fréquentent assidûment les saints, peignent les icônes des saints de tous les jours de l'année et apprennent par cœur tous les offices de l'Eglise.
A quatorze ans, Eugraph expérimente la vie monastique dans un monastère fondé par le métropolite Antoine. Au bout d'un certain temps, l’higoumène le place devant ce choix : "Si tu sers ton prochain, Dieu te servira, si tu sers Dieu, ton prochain te servira ; que préfères tu ?" Eugraph répond sans hésiter : "Je préfère servir mon prochain pour que Dieu me serve !" - "Alors, lui dit l’higoumène, retourne dans le monde, tu n’es pas fait pour être moine".
La guerre civile oblige la famille Kovalevsky à fuir Saint-Pétersbourg, d'abord en Ukraine, puis en Crimée et enfin, après une escale à Salonique, à Beaulieu sur la Côte d'Azur. A plusieurs reprises, au cours de ce périple, il rencontre des hommes d’Eglise inspirés par Dieu qui lui prédisent sa future mission.
Vers l'âge de 22 ou 23 ans celle-ci lui est clairement dévoilée lorsque, contraint par une force irrésistible de passer sous le tombeau de sainte Radegonde à Poitiers, la sainte lui confirme que sa mission sera la renaissance de l'Orthodoxie en France et la restauration de l'Eglise de France dans l'esprit qui fut le sien durant les premiers siècles, et lui donne la force de s'engager dans cette entreprise apparemment surhumaine.
Auparavant, Eugraph, à l'issue de brillantes études à l'Institut de théologie orthodoxe Saint-Serge, où il fut l'élève notamment du père Serge Boulgakov, avait fondé en 1925 avec plusieurs jeunes Russes émigrés la confrérie Saint Photius, placée sous le patronage de l'illustre patriarche de Constantinople. Au sein de cette confrérie, Eugraph est président de la province Saint-Irénée, qui accumule les matériaux théologiques, liturgiques et canoniques en vue de rendre à l'Occident sa foi et sa pratique ecclésiale orthodoxes. Il est convaincu que "l'âme d'un Occidental est naturellement orthodoxe". C’est pourquoi la lutte de toute sa vie sera de prouver que l'Orthodoxie occidentale existe et que l'Occident est instinctivement orthodoxe.
En 1936, il rencontre Monseigneur Winnaert. Ce dernier, ancien prêtre de l'Eglise romaine, l’avait quittée parce que la pratique assidue de saint Paul l’avait convaincu que la foi et l'ecclésiologie de cette Eglise s'étaient gravement écartées de la Tradition. Il avait fondé une "Eglise catholique évangélique de France" et évoluait sans le savoir progressivement vers l’Orthodoxie. Eugraph reconnaît en Monseigneur Winnaert et sa communauté "les peuples d'Occident en marche vers l'orthodoxie de la foi et la restauration de leur Eglise dans l'esprit de l'Eglise primitive".
Tous deux, guidés par la Providence, s'adressent au métropolite Serge de Moscou, lequel rend le 16 juin 1936 un oukase historique décrétant que "les paroisses réunies à l'Eglise orthodoxe se servant du rite occidental seront désignées comme Eglise orthodoxe occidentale".
Ordonné prêtre le 6 mars 1937 par le métropolite Eleuthère, représentant du patriarcat de Moscou, le père Eugraph célèbre sa première liturgie le lendemain même pour l'enterrement de Mgr Winnaert, qui était entré en Orthodoxie peu auparavant et y avait reçu sa communauté.
Le père Eugraph, qui avait acquis la nationalité française, est mobilisé en 1939 puis fait prisonnier. Dans le camp de prisonniers français où il est d'abord enfermé, puis dans le camp de prisonniers russes où il demande à être transféré parce que ses anciens compatriotes sont bien plus durement traités, le "Petit père", comme on l'appelle avec affection, s’attire une extraordinaire popularité à cause de sa charité, de son entrain et de son rayonnement.
Libéré en 1943, il reprend presque à zéro la tâche d’édifier l'Eglise orthodoxe de France, réduite alors à trois femmes. Le travail de la confrérie Saint-Photius, amplifié par le père Eugraph, aboutit à la première célébration, le 7 octobre 1945, de la "Sainte liturgie selon l'ancien rite des Gaules", dite encore "Liturgie selon saint Germain", parce que ce saint évêque de Paris du VIe siècle l'avait décrite dans deux de ses lettres.
Peu auparavant, le 15 novembre 1944, il avait ouvert l'Institut Saint-Denys, institut de théologie de l'Eglise orthodoxe de France, placé sous le patronage de saint Denys l'Aréopagite que la tradition a assimilé au premier évêque de Lutèce, saint Denis, martyrisé sur le Mont Martre. Selon la volonté de son fondateur, l'Institut accueille, parmi ses administrateurs et son corps enseignant, des représentants de tous les courants chrétiens. Le père Eugraph y professa jusqu'à sa mort des cours éblouissants de lumière supra-intellectuelle.
En 1957, il fait la connaissance de l'archevêque Jean Maximovitch, futur saint Jean de San Francisco, à l'époque archevêque en France pour l'Eglise russe hors frontières, qui avait été sacré évêque pour Shanghaï par le métropolite Antoine de Kiev. Cet authentique saint, thaumaturge et clairvoyant, reconnaît l’œuvre de l’archiprêtre Eugraph. Surmontant de nombreux obstacles, il le sacre en sa cathédrale de San Francisco le 11 novembre 1964, fête de saint Martin, apôtre des Gaules. Il lui donne le nom de Jean en l'honneur de saint Jean de Cronstadt, nouvellement canonisé, et lui attribue le titre d’évêque de Saint-Denis. Le saint archevêque prophétise au nouvel évêque autant la joie que la haine, et ajoute : "Aujourd'hui, saint Martin est fêté dans toute la France; saint Irénée est ton protecteur par la sûreté de la doctrine ; tu es entouré de saint Jean de Cronstadt, de saint Nectaire d’Égine : mais souviens-toi aussi du métropolite Antoine de Kiev, ton parent, et fais ce qu'il ferait à ta place".
L’archevêque Jean de San Francisco étant mort en 1966, ses successeurs, qui lui étaient hostiles, attaquèrent l'Eglise catholique orthodoxe de France qu’il avait prise sous sa protection. Celle-ci dut rompre avec l’Eglise russe hors frontières, et cette rupture provoqua des désordres d'une telle violence qu'ils hâtèrent la fin de l’évêque Jean. Il naquit au ciel un vendredi à trois heures de l'après-midi, comme son maître le Christ : ce fut le 30 janvier 1970, en la fête des trois saints docteurs de l'Orient, ses compagnons de toujours, Basile le Grand, Grégoire de Nazianze et Jean Chrysostome.
Liturge, théologien, canoniste, iconographe, et aussi peintre, musicien, mathématicien, l'évêque Jean de Saint-Denis fut à la fois un génie et un saint. Premier évêque orthodoxe de France après mille ans d'occultation, il se consacra entièrement à ce qu'il appela "l’œuvre la plus grande de notre époque" : "la restauration dans l'Orthodoxie universelle du visage légitime, immortel et orthodoxe de l'Occident", cela afin de "renouveler le monde et le christianisme", et de rappeler aux hommes qui l’ont oublié que, derrière l'épreuve de la croix et de la mort vient, offerte gratuitement par le Christ, la résurrection. La vie de l'évêque Jean de Saint-Denis fut une parfaite illustration de son enseignement : une liturgie de mort et de résurrection où lui-même recevait et donnait la grâce vivifiante de la divine Trinité.